Après des études à l’université de Caen, Emmanuel Jouanne se tourne vers l’écriture et envoie ses textes à la revue Minuit des Éditions de Minuit. Il publie de nombreuses nouvelles à partir de 1979.
Par ses prises de position tant théoriques qu’esthétiques, Emmanuel Jouanne a été l’un des principaux auteurs qualifiés à l’époque de « néo-formalistes » ou, de manière plus péjorative, « littératurants », pour qui le travail sur la forme allait de pair avec des recherches surréalisantes plutôt que science-fictives, et à qui la collection « Présence du futur » a offert une vitrine médiatique.
Il fonde en 1986 le groupe Limite, un groupe de jeunes auteurs composé de Jacques Barbéri, Francis Berthelot, Lionel Évrard, Emmanuel Jouanne, Frédéric Serva, Jean-Pierre Vernay et Antoine Volodine. Ils font paraître un recueil de nouvelles intitulé Malgré le monde, dans lequel aucun des textes n’est signé.
À partir de 1986, il entame également une série policière anarchiste, Soviet, avec Yves Frémion, dont ils signent le premier volume (Tuez un salaud) sous le pseudonyme collectif Colonel Durruti. Il commence aussi un cycle de science-fiction, Terre, dont seules les phases une et deux sont sorties, Le Rêveur de chats (1988) et La Trajectoire de la taupe (1989). Il publie en 1999 un roman jeunesse, L’Inconnu de la ruelle, à propos d'une personne sans-domicile-fixe.
